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PCR-RFLP-SSCP及测序用于霍乱弧菌ctx-AB基因多态性的研究

来源:中华微生物学和免疫学杂志
摘要:建立PCR-RFLP-SSCP及测序方法,用于分析霍乱弧菌肠毒素AB(ctx-AB)基因多态性。针对ctx-AB基因设计引物,扩增片段为528bp,包括ctx-B编码基因375bp,引物序列为5′-GGTGTAAAATTCCTTGACG-3′和5′-GGTTCGATGATGAGAAGC-3′。对不同SSCP类型测序,利用PCR方法直接对PCR产物测序。霍乱弧菌O1群古典型(CVC)标准株56......

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  建立PCR-RFLP-SSCP及测序方法,用于分析霍乱弧菌肠毒素AB(ctx-AB)基因多态性。针对ctx-AB基因设计引物,扩增片段为528bp,包括ctx-B编码基因375bp,引物序列为5′-GGT GTA AAA TTC CTT GAC G-3′和5′-GGT TCG ATG ATG AGA AGC-3′。PCR产物经RsaⅠ酶切为317bp和211bp 2个片段。对酶切产物进行单链构象多态性(SSCP)分析,银染色法显示结果。对不同SSCP类型测序,利用PCR方法直接对PCR产物测序。

  霍乱弧菌O1群古典型(CVC)标准株569B和16017,埃尔托型(EVC)标准株919,O139群标准株MO45,EVC80株(广东省90年代病人分离株),O139群10株(广东省90年代病人分离株),由广东省和广州市卫生防疫站提供。PCR扩增ctx-AB基因,上述菌株均产生1条约528bp的片段,扩增产物经RsaⅠ内切酶消化后,在2%琼脂糖凝胶上电泳,均可见1条约317bp的片段和1条约211bp的片段。酶切产物经SSCP分析,分为A和B两个类型,CVC、EVC和O139群标准株均为A型,80株EVC(广东省分离株)中8株为A型,其余为B型;O139群(广东省分离株)均为A型。进一步测序表明两类型基因序列有3个位点不同,以ctx-B基因的起始碱基定位为1,其下游序列为正,上游序列为负,两类型在103、115和203位点碱基不同,A型为A、C和C(相应位点编码的氨基酸为Asp、Tyr和Ile),B型为G、T和T(相应位点编码的氨基酸为Asn、His和Thr)。与基因库中霍乱弧菌的ctx-AB基因序列比较,B型103位点与国外报道的序列均不同,可能为广东地区菌株特有的突变。PCR-RFLP-SSCP及测序方法快速、简便、准确、经济,适用于对大量标本某重要基因多态性的研究。

作者: 芮勇宇俞守义王红 2004-9-27
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